การวินิจฉัยโรค เป็นขั้นตอนที่สำคัญที่สุดขั้นตอนหนึ่งในการรักษาโรค หากการวินิจฉัยโรคทำได้ไม่ถูกต้อง หรือไม่รอบคอบ อาจทำให้การรักษาไม่ตรงสาเหตุโรค และไม่หายจากอาการของโรคนั้น การวินิจฉัยโรคในช่องปาก โดยส่วนใหญ่แล้วจะทำโดยการตรวจในช่องปาก และการถ่ายภาพรังสีทั้งในปาก และนอกปากในเบื้องต้น หากสามารถพบปัญหาได้อย่างชัดเจน ก็จะสามารถได้ให้การรักษาได้ ปัญหาหรือโรคในช่องปากบางอย่างที่วินิจฉัยได้ยากหรือซับซ้อน อาจจำเป็นต้องมีเครื่องมือตรวจวินิจฉัยเพิ่มเติม เช่น การตรวจการสบฟันด้วยขี้ผึ้ง หรือแผ่นโลหะตรวจสอบการสบฟัน การวัดความมีชีวิตของฟันด้วยไฟฟ้า การใช้แสงความเข้มสูงเพื่อตรวจสอบรอยร้าว การวัดร่องเหงือกด้วยเครื่องมือวัดร่องเหงือก การระบุตำแหน่งรูเปิดหนองด้วยแท่งยางทึบรังสี หรือแม้แต่การผ่าตัดเปิดเหงือกเพื่อการวินิจฉัย จะเห็นได้ว่าการวินิฉัยโรคในช่องปาก ต้องอาศัยความละเอียดและรอบคอบ ประกอบกับเครื่องมือวินิจฉัยที่ครบ และเพียงพอต่อการตรวจ โดยการถ่ายภาพรังสีถือเป็นเครื่องมือตรวจที่สำคัญอย่างยิ่ง โดยแนะนำให้ผู้ป่วยทุกคนถ่ายภาพรังสี panoramic เพื่อตรวจหาปัญหาโดยทั่วไป และอาจถ่ายภาพรังสีเฉพาะตำแหน่งที่ต้องการตรวจละเอียดอีกครั้ง นอกจากนี้การถ่ายภาพรังสีฟันด้านประชิด (Bitewing) ทุกๆ 6 เดือน เพื่อหารอยผุระยะเริ่มต้น ก็จะช่วยให้เราพบฟันผุได้ตั้งแต่ระยะแรก ที่ยังไม่แสดงอาการใดๆ